Արմեն Մկրտչյանը 2020թվականից աշխատում է Flagship Pioneering ընկերությունում՝ որպես ավագ ղեկավոր: Սերտորեն աշխատելով ընկերության հիմնադրի, տնօրենի ու բարձրաստիճան ղեկավարների հետ՝ աջակցում է նրանց ռազմավարական նախաձեռնությունների եւ ձեռնարկատիրական կազմակերպությունների ընտրության հարցում: Ղեկավարում է նախաձեռնություններ արհեստական բանականության, բժշկության եւ առողջության անվտանգության ոլորտում:
Արմեն Մկրտչյանը դասավանդել է Ամերիկյան համալսարանում, Հայաստանում ձեռնարկատիրական գիտելիքներն ու հմտությունները խթանելու նպատակով ՀԱՄ-ում հիմնել է Ձեռներեցության եւ նորարական տեխնոլոգիաների կենտրոնը: